Margarethe Hoffmann blev tidligt forældreløs, men gennemførte ikke desto mindre uddannelsen til lærerinde på seminariet i Hamburg 1898, sådan som det havde været moderens ønske. Samme år flyttede hun til Odense og boede herefter i 27 år sammen med mosteren, Louise Winteler, der med succes drev en af byens største pigeskoler. Margarethe Hoffmann blev som en datter for den ugifte skolebestyrerinde, og i de følgende år rejste de ofte sammen, også uden for landets grænser.
Allerede fra 1898 havde Margarethe Hoffmann undervist ved Louise Wintelers skole, og hun videreuddannede sig ved studieophold i Cambridge og Oxford 1900-01 og tog tillige eksamen i dansk i København 1903. Hun blev det følgende år gjort til medbestyrerinde på mosterens skole, der ved flere lejligheder havde vist sig åben for pædagogiske nydannelser, og hun fik således som ganske ung medindflydelse på vigtige beslutninger om skolens fremtid. Den stod snart over for store forandringer, ikke mindst da den fra 1908 i kraft af den nye skolelovgivning fik egen gymnasieafdeling og dimissionsret til studentereksamen af nysproglig retning.
Da den aldrende Louise Winteler i 1912 trak sig tilbage fra skolegerningen, overtog Margarethe Hoffmann posten som bestyrerinde og forsvarede i de følgende skolens position som det mest populære uddannelsesvalg for det odenseanske borgerskabs døtre. Denne position blev i øvrigt tydeligt understreget ved et besøg på skolen af kong Christian X og dronning Alexandrine 23.9.1913.
I de følgende år fortsatte skolens fremgang, og i 1918 ændredes Margarethe Hoffmanns titel til rektor, men to år senere var en større omvæltning i gang. Et økonomisk pres, forårsaget af stigende udgifter til lærerlønninger, førte efter mange og lange overvejelser til, at staten overtog skolen, der nu kom til at hedde Skt. Knuds Gymnasium. MH fortsatte imidlertid som rektor til sin død, og lærerne beholdt deres job.
Som skoleleder har Margarethe Hoffmann stået i skyggen af mosteren, der havde grundlagt skolen, og som levede til 1925, men der er ingen tvivl om, at hun gjorde god fyldest på posten, både som administrator og som pædagog. Hun underviste fortrinsvis i tysk og engelsk, vandt med sit lyse sind og sin elskværdige og rolige fremtræden mange af elevernes hjerter og sørgede tillige så godt som muligt for sit personale. Kontakten mellem skole og hjem lå hende også stærkt på sinde. Hendes død allerede året efter mosteren levnede hende ikke tid til at give skolen sit helt specielle præg, men det var formentlig heller ikke hendes ønske. Skønt opvokset i Tyskland havde hun selv valgt tilværelsen som mangeårig “andenviolin” i det nordlige naboland.