Marie Jørgensen blev født ind i skoleverdenen, idet faderen var lærer på Skalbjerg Skole på Fyn. Familien flyttede senere til Baaring på Vestfyn, hvor hun tilbragte det meste af barndommen. Faderen var ved siden af sin lærergerning også gårdejer og translatør. Hjemmet var meget kulturelt og litterært interesseret og dybt præget af tidens frihedsånd. Det var derfor ikke helt uventet, at den begavede MJ fik en boglig uddannelse. Hun blev optaget på N. Zahles Skole, hvor hun afsluttede sin læreruddannelse i 1873.
Som nyuddannet fik hun helt efter tidens sædvane beskæftigelse som huslærerinde. Først hos godsejer Pretzmann, Frisenvold og derefter hos grev Carl Ahlefeldt-Laurvigen på Langeland, og endelig et par år i Vedersø Præstegård hos pastor J.F. Plesner. I 1878 rejste Marie til Odense, hvor hun kom til at undervise på Julie Heins’ skole.
Odense havde på den tid adskillige privatskoler, men trods den hårde konkurrence forsøgte Marie sammen med lærer Jørgen Bruhn i foråret 1879 at starte en ny pigeskole. Uvist hvorfor opgav de dog hurtigt forsøget. MJ lod sig imidlertid ikke slå ud. Hun tog sagen i egen hånd og annoncerede i løbet af sommeren efter voksne piger til privatundervisning. Der var tale om en højskoleagtig undervisning, der ikke i første omgang skulle føre til nogen eksamen. Den 1. september begyndte hun skolen med i alt 11 elever – flere af dem fulgte dog kun enkelte fag. Undervisningen blev bl.a. brugt som forberedelse til lærerindeeksamen.
I de første vanskelige år fik Marie støtte fra flere af byens indflydelsesrige familier, som her fandt et uddannelsestilbud til deres halvvoksne døtre. Marie Jørgensens mål var at skabe en skole for livet i Grundtvigs ånd. Samtidig var hun stærkt engageret i ønsket om at give kvinderne mulighed for uddannelse. I 1884 oprettede hun Realskolen for unge piger, og samtidig begyndte hun at undervise børn helt ned til 5 års alderen. I 1885 førte Marie de første piger til præliminæreksamen. Det skete som privatister på Latinskolen. Året efter lykkedes det den utrætteligt kæmpende skoleleder, at få tilladelse til som den første pigeskole i provinsen at afholde præliminæreksamen.
Marie Jørgensens skole voksede hurtigt, og 2 år efter oprettelsen måtte skolen flytte til mere rummelige omgivelser. Skolen skiftede siden flere gange adresse, før det i 1893 blev muligt for hende at opføre egen skolebygning på Sct. Hans Plads. Marie indrettede også privatbolig i den nye skolebygning. Her blev der også indrettet faciliteter, så skolen kunne benyttes som kostskole for elever fra andre egne af landet. Hun var drevet af et ønske om til stadighed at dække flere områder og gøre skolen større. MJ lagde derfor al sin store arbejdskraft i skolens vækst, og allerede i år 1900 udvidedes skolebygningen af en af Odenses betydeligste arkitekter, Niels Jacobsen.
I 1895 oprettede Marie Jørgensen artiumskursus og en egentlig drengeafdeling. Hun havde næsten konstant økonomiske problemer, og drengeskolen blev givetvis oprettet i et forsøg på at bedre økonomien. Skolen blev dog aldrig den samme succes som pigeskolen, og den frasolgtes igen i 1914. Den ekspansive linje betød, at skolen til stadighed optog flere elever. Et par af byens øvrige pigeskoler blev således overtaget af Marie Jørgensen. Kørt før hendes død i 1920 var pigeskolen nået op over 300 elever. Marie Jørgensens pigeskole henvendte sig til børn af den bedrestillede middelklasse. Konkurrenten Frk. Wintelers skole tog sig af den absolutte overklasses børn.
Marie forblev ugift, og skolen erstattede i vid udstrækning en familie. Hun forsøgte således at skabe en familiær ramme omkring kostskoleeleverne, og hun fik da også kælenavnet “moster” blandt eleverne. Hendes elever, der meget naturligt kaldtes “mariehøns” omtalte Marie med en betydelig hengivenhed, men også med en vis frygt. En elev beskrev hende således: “Som institutionsbestyrerinde vist tidstypisk for kvindelige pionérer: streng og fjern, stilig og korrekt”.
Marie Jørgensen underviste selv i flere fag og var specielt begejstret for litteratur. I 1882 udgav hun en kirkelig læsebog til skolebrug, men hendes store betydning lå først og fremmest i funktionen som skoleleder. Hun formåede trods de vanskeligheder, der var for en kvinde på den post i slutningen af 1800-tallet, at drive skolen frem til en af Odenses største og mest ansete privatskoler. Flere generationer kvinder i Odense blev således præget af hendes religiøse og nationale holdninger. En prægning der varede længe efter hendes død, bl.a. fordi hun i betydeligt omfang ansatte tidligere elever som lærere. Marie Jørgensens skole er i dag en selvejende institution, der stadig bærer stifterens navn.